EL ALGORITMO DE SIERRA MADRE
Gene Oma
En un viejo laboratorio del Oeste, el Sierra Madre Genomics Institute, donde el sol calienta y el aire es seco, es donde ocurrirá un duelo que todos recordarán.
De un lado está Ji Nuo Ma, de baja estatura y muy callado, pero que en su mirada se traslucen muchos años de disciplina y estudio. Su pantalla, de 22 pulgadas, luce en negro. Sus manos parecen fundirse con su teclado de diseño compacto y austero. Su postura es firme y se muestra decidido.
Frente a él está Seq Quentin, un hombre alto y musculoso, muy competitivo y que siempre tiene la última palabra. Frente a él dos pantallas de 50 pulgadas. Sus manos sobre un teclado completo con reposa manos acolchado y retroiluminación multicolor.
"¿Qué pasa, enano? ¿Tu lengua es tan corta como tú?" Dice Seq, riéndose mientras se tambalea un poco, como si la risa pudiera darle la victoria. La gente, en el auditorio del instituto, habilitado para la ocasión, contiene la respiración. Todos esperan el duelo con gran interés. Ji no responde.
La idea del duelo había surgido unas semanas atrás. Los dos combatientes se habían significado en sus tareas de ensambladores de genomas. Ji había conseguido ensamblar el genoma de Berlin polonica, que con sus 150 Gbp es el segundo mayor entre las plantas. Por su parte, Seq había conseguido ensamblar el genoma del tritón verde, cinco veces mayor que el genoma humano. Ensamblar un genoma grande es un desafío y ambos bioinformáticos afirmaban que sus algoritmos eran las mejores: mejor calidad general de ensamblaje, menos tiempo de ejecución y menos requisitos de memoria.
Fue por ello que al director del centro, el profesor Peter Volcanhill, se le ocurrió convocar un duelo. Quien consiguiera ensamblar más rápido el genoma del helecho Riobravensis westernensis, el más grande conocido, sería proclamado el mejor bioinformático del mundo. Octoploide y con más del 95% de secuencias repetitivas, el reto era enorme.
Los dos hombres se miraron fijamente, y la quietud del momento era tan intensa como el viento que soplaba entre las ranuras de ventilación del superordenador que estaban a punto de utilizar, cada cual con sus mejores algoritmos.
Seq, confiado, rompió el silencio: "Te devolveré a donde perteneces", dijo con una mueca de desprecio, golpeando su teclado rítmicamente, el cual se iluminó en todos los colores del arco iris.
La secuenciación se había realizado semanas atrás a partir de ADN extraído de las hojas del helecho. Los miles de fragmentos de secuencias obtenidos esperaban en la memoria del computador para ser ordenados en sus 416 cromosomas. Ji seguía de pie, con el rostro sereno, acariciando su teclado con mano firme.
Fue entonces cuando el profesor Volcanhill dio la señal de inicio. Ambos combatientes comenzaron a teclear ansiosamente. Los espectadores intentaban seguir los movimientos de las manos, sin conseguirlo, y el aire se llenó de emoción.
Las pantallas parpadeaban, proyectando números y letras sin parar. Nadie sabía exactamente qué estaban haciendo. Los números empezaron a agruparse mostrando series de cálculos complejos.
Seq echó un vistazo a su izquierda y empezó a sudar, ya no estaba tan sereno. De repente, la pantalla de Ji parpadeó. Los números rojos desaparecieron, reemplazados por unos verdes brillantes. El ensamblaje había concluido. Los 416 cromosomas estaban completos. Con un leve asentimiento, Ji se puso en pie y comenzó a caminar, dejando atrás la sombra de un bioinformático que nunca más volvería a reír.
De un lado está Ji Nuo Ma, de baja estatura y muy callado, pero que en su mirada se traslucen muchos años de disciplina y estudio. Su pantalla, de 22 pulgadas, luce en negro. Sus manos parecen fundirse con su teclado de diseño compacto y austero. Su postura es firme y se muestra decidido.
Frente a él está Seq Quentin, un hombre alto y musculoso, muy competitivo y que siempre tiene la última palabra. Frente a él dos pantallas de 50 pulgadas. Sus manos sobre un teclado completo con reposa manos acolchado y retroiluminación multicolor.
"¿Qué pasa, enano? ¿Tu lengua es tan corta como tú?" Dice Seq, riéndose mientras se tambalea un poco, como si la risa pudiera darle la victoria. La gente, en el auditorio del instituto, habilitado para la ocasión, contiene la respiración. Todos esperan el duelo con gran interés. Ji no responde.
La idea del duelo había surgido unas semanas atrás. Los dos combatientes se habían significado en sus tareas de ensambladores de genomas. Ji había conseguido ensamblar el genoma de Berlin polonica, que con sus 150 Gbp es el segundo mayor entre las plantas. Por su parte, Seq había conseguido ensamblar el genoma del tritón verde, cinco veces mayor que el genoma humano. Ensamblar un genoma grande es un desafío y ambos bioinformáticos afirmaban que sus algoritmos eran las mejores: mejor calidad general de ensamblaje, menos tiempo de ejecución y menos requisitos de memoria.
Fue por ello que al director del centro, el profesor Peter Volcanhill, se le ocurrió convocar un duelo. Quien consiguiera ensamblar más rápido el genoma del helecho Riobravensis westernensis, el más grande conocido, sería proclamado el mejor bioinformático del mundo. Octoploide y con más del 95% de secuencias repetitivas, el reto era enorme.
Los dos hombres se miraron fijamente, y la quietud del momento era tan intensa como el viento que soplaba entre las ranuras de ventilación del superordenador que estaban a punto de utilizar, cada cual con sus mejores algoritmos.
Seq, confiado, rompió el silencio: "Te devolveré a donde perteneces", dijo con una mueca de desprecio, golpeando su teclado rítmicamente, el cual se iluminó en todos los colores del arco iris.
La secuenciación se había realizado semanas atrás a partir de ADN extraído de las hojas del helecho. Los miles de fragmentos de secuencias obtenidos esperaban en la memoria del computador para ser ordenados en sus 416 cromosomas. Ji seguía de pie, con el rostro sereno, acariciando su teclado con mano firme.
Fue entonces cuando el profesor Volcanhill dio la señal de inicio. Ambos combatientes comenzaron a teclear ansiosamente. Los espectadores intentaban seguir los movimientos de las manos, sin conseguirlo, y el aire se llenó de emoción.
Las pantallas parpadeaban, proyectando números y letras sin parar. Nadie sabía exactamente qué estaban haciendo. Los números empezaron a agruparse mostrando series de cálculos complejos.
Seq echó un vistazo a su izquierda y empezó a sudar, ya no estaba tan sereno. De repente, la pantalla de Ji parpadeó. Los números rojos desaparecieron, reemplazados por unos verdes brillantes. El ensamblaje había concluido. Los 416 cromosomas estaban completos. Con un leve asentimiento, Ji se puso en pie y comenzó a caminar, dejando atrás la sombra de un bioinformático que nunca más volvería a reír.